玩家可以与好友共同组建或加入组织，这是游戏社交玩法的核心部分。创建组织需要VIP2权限，而未加入组织的玩家可通过游戏内组织选项选择创建组织或加入组织。创建时需填写组织名称、口号等信息，并设置初始架构。组织成立后，首领可邀请好友加入，或通过生成的邀请码发送给目标成员。需邀请码有效期为24小时，需确保在有效期内完成招募。组织内部分为首领、高层、精英和普通成员，不同职位拥有不同的管理权限，例如高层可开启叛忍来袭等专属活动。
组织成立后，成员可通过参与集体活动提升整体实力。例如追击晓组织每周刷新一次，通关后可获得通灵进阶材料、忍者碎片等丰厚奖励，而叛忍来袭需由首领或高层开启，击败叛忍BOSS可获得积分排名奖励。组织商店是重要资源获取渠道，需消耗组织功勋兑换物品，功勋可通过每日祈福（焚香或纳贡）、参与叛忍活动等方式积累。普通打造忍具消耗铜币，精密打造则需金币，后者能产出更高品质装备。合理分配资源与协调成员分工是组织长期发展的关键。
组织管理需注重规则制定与成员沟通。首领可设立明确的职位分工，如副会长负责招募、精英成员协助活动指挥等。定期开展集体活动（如要塞争夺、竞技场挑战赛）能增强凝聚力，同时需建立稳定的沟通渠道，例如利用游戏内聊天工具或外部社交平台。对于新人成员，建议提供基础培养指导，帮助其快速适应组织节奏。组织升级依赖全体成员的活跃度，例如通过完成每日任务、贡献资源提升组织等级，从而解锁更高级别的商店物品和活动权限。
若希望与好友高效协作，需优先考虑组织规模与目标的一致性。小型组织适合亲友间休闲娱乐，而大型组织更利于冲击排行榜等竞争性内容。无论哪种类型，均需确保核心成员在线时间稳定，以便协调叛忍、要塞等限时活动。组织间的合并或联盟也是后期扩展影响力的可行策略，但需提前协商资源分配规则。通过持续优化战术配合与资源规划，玩家能与好友共同打造一个兼具实力与活跃度的忍者联盟。
